Om prionen te identificeren wordt een combinatie van experimentele methoden en technieken gebruikt vanwege de unieke eigenschappen van deze agentia. Prionen bestaan uit een verkeerd gevouwen vorm van het normale cellulaire prioneiwit (PrP) en hebben geen genoom van nucleïnezuur, daarom dat methoden op basis van DNA-analyse hier niet van toepassing zijn. Enkele methoden:
- Bioassay in laboratoriumdieren: dit is een methode waarbij vatbare dieren, zoals muizen of hamsters, worden geïnoculeerd. De dieren worden vervolgens geobserveerd op symptomen van prionziekte, wat de aanwezigheid van prionen in het oorspronkelijke staal zou aangeven.
- In vitro celcultuursystemen: hierbij worden priongevoelige cellijnen, zoals neuroblastoomcellen, blootgesteld aan het staal. Als de cellen tekenen van prionziekte vertonen, zoals misvouwing van PrP, wordt aangenomen dat het staal prionen bevat.
- Immunoassays: deze tests maken gebruik van antilichamen die specifiek binden aan PrPSc, de misvouwde vorm van PrP. Als de antilichamen binden, geeft dit aan dat PrPSc aanwezig is in het staal.
- Real-time quaking-induced conversion (RT-QuIC) assay: deze methode detecteert de omzetting van normaal PrP naar PrPSc in een staal. Het staal wordt gemengd met normaal PrP en geschud om de omzetting te bevorderen. De vorming van PrPSc wordt vervolgens gedetecteerd door fluorescentie.
- Protein misfolding cyclic amplification (PMCA): deze methode versterkt de omzetting van normaal PrP naar PrPSc in een staal door het herhaaldelijk doorlopen van stappen van schudden (om de omzetting te bevorderen) en incubatie (om de omzetting te laten plaatsvinden). De aanwezigheid van PrPSc wordt vervolgens gedetecteerd door middel van immunoassays.
- Prion-eiwitconformatie-specifieke antilichamen: deze antilichamen zijn ontworpen om specifiek te binden aan de misvouwde vorm van PrP. Als de antilichamen binden, geeft dit aan dat PrPSc aanwezig is in het staal.
- Massaspectrometrie: deze methode identificeert de aanwezigheid van prionen in stalen door de massa van de eiwitten in het monster te meten. PrPSc heeft een andere massa dan normaal PrP, dus de aanwezigheid van PrPSc kan worden gedetecteerd door een verschuiving in de massa van PrP.